Jurubicara Presiden Yudhoyono mengatakan mereka membahas isu terorisme, flu burung dan pemulihan hubungan militer Indonesia dan Amerika.
Mengomentari kunjungan resmi pertamanya ke Indonesia, Rice mengatakan Indonesia telah melakukan langkah besar setelah lepas dari kekuasaan otokrasi Suharto selama 32 tahun.
Washington kini berupaya untuk menjalin hubungan lebih dekat dengan negeri dengan pemeluk Islam terbesar di dunia ini.
Tahun lalu, Amerika Serikat mencabut embargo senjata selama enam tahun dan memperbaiki kembali hubungan militer dengan Indonesia.
"Indonesia adalah negara yang telah melakukan langkah-langkah besar dalam beberapa tahun belakangan ini dan Amerika Serikat telah mengubah hubungan luar negerinya dengan Indonesia," kata Rice dalam perjalanannya ke Indonesia.

Disambut protes
Kedatangan Condoleezza Rice di Jakarta disambut dengan unjukrasa sejak Selasa pagi untuk menentang Amerika Serikat.
Ratusan orang dari segala usia, mulai dari lelaki dan perempuan dewasa, remaja sampai ibu yang membawa anak balita, berunjukrasa dengan meneriakkan yel-yel yang mengutuk aksi-aksi Amerika Serikat, baik di Indonesia maupun di Timur Tengah.
Mereka menggelar pawai protes yang dimulai dari depan kedutaan besar Amerika Serikat, bergerak ke gedung Kementerian Luar Negeri tempat Rice bertemu dengan Menteri Luar Negeri Indonesia Hassan Wirayuda dan berakhir di Istana Merdeka.
Fauzan al-Anshari dari Majelis Mujahidin Indonesia, yang ikut dalam unjukrasa itu mengatakan salah satu tuntutan mereka adalah menemui dan berbicara langsung dengan Menlu Amerika Serikat itu untuk menyampaikan seluruh kecaman mereka terhadap Amerika.

Institusi penting
AS memperbaiki hubungan milliter dengan Indonesia November tahun lalu. Embargo senjata untuk Indonesia diberlakukan setelah militer Indonesia melakukan kekerasan ketika Timor Timur memisahkan diri pada 1999.
Pencabutan embargo ini sebagai penghargaan atas kontribusi Indonesia dalam kampanye anti terorisme.
"Militer adalah institusi penting di Indonesia. Memang reformasi militer belum sempurna, namun kami yakin militer Indonesia tengah melakukan reformasi dan kami dapat menjadi bagian dari kemajuan positif ini," kata Rice.
Embargo senjata terhadap Indonesia tetap dicabut meski kelompok oposisi di AS tetao meminta pembatasan pengiriman senjata.
Presiden SBY yang terpilih 2004 lalu, sudah dua kali mengunjungi Washington untuk meminta pencabutan embargo senjata ini.